Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis signifikansi pengaruh faktor internal dan eksternal terhadap bagi hasil deposito mudharabah, baik secara simultan maupun parsial pada Bank-Bank Umum Syariah di Indonesia periode 2009-2013. Pada penelitian ini variabel faktor internal terdiri dari Return On Asset (ROA), Biaya Operasional dan Pendapatan Operasional (BOPO), dan Financing to Deposit Ratio (FDR) sedangkan variabel faktor eksternal terdiri dari Suku Bunga Deposito Bank Umum. Populasi penelitian ini adalah Bank-Bank Umum Syariah di Indonesia. Jumlah sampel yang diambil dengan metode purposive sampling sebanyak 3 (tiga) dari 11 (sebelas) Bank Umum Syariah. Model yang digunakan adalah model regresi data panel, sedangkan teknik analisis yang digunakan adalah F.test, R 2 , dan t.test. Hasil analisis dan pembahasan yang dilakukan menunjukkan bahwa Return On Asset (ROA), Biaya Operasional dan Pendapatan Operasional (BOPO), dan Financing to Deposit Ratio (FDR) dan Suku Bunga Deposito Bank Umum secara simultan berpengaruh signifikan terhadap bagi hasil deposito mudharabah pada Bank-Bank Umum Syariah di Indonesia periode 2009-2013. Sedangkan Return On Asset (ROA) secara parsial berpengaruh positif dan tidak signifikan, Biaya Operasional dan Pendapatan Operasional (BOPO) secara parsial berpengaruh negatif dan signifikan, Financing to Deposit Ratio (FDR) secara parsial berpengaruh negatif dan signifikan, serta Suku Bunga Deposito Bank Umum secara parsial berpengaruh positif dan signifikan terhadap bagi hasil deposito mudharabah pada BankBank Umum Syariah di Indonesia periode 2009-2013