Tujuan dari penelitian ini adalah untuk menganalisis tingkat efisiensi organisasi pengelola zakat nasional dalam mengelola dana zakat tahun 2016-2020. Sampel dalam penelitian ini adalah tiga organisasi pengelola zakat nasional yaitu Rumah Zakat, Dompet Dhuafa dan Badan Amil Zakat Nasional yang dipilih menggunakan teknik purposive sampling. Metode analisis yang digunakan adalah analisis regresi linear berganda data panel menggunakan Eviews 12 dan penghitungan tingkat efisiensi menggunakan Frontier 4.1. Input yang digunakan adalah Biaya Fundraising (X1) dan Biaya Umum (X2) dengan output adalah Penghimpunan dan Penyaluran Zakat. Hasil penrhitungan menunjukkan bahwa secara parsial Biaya Fundraising dan Biaya Umum berpengaruh positif dan signifikan terdapat Penghimpuanan Zakat. Sedangkan pada Penyaluran Zakat, hanya Biaya Fundraising yang berpengaruh positif dan signifikan. Koefisien determinasi pada penghimpunan sebesar 0,5722 yang artinya 57,22% variasi Penghimpunan Zakat dapat dijelaskan oleh variabel Biaya Fundraising dan Biaya Umum. Sedangkan sisanya 42,78% dijelaskan oleh variabel lain diluar model penelitian ini. Koefisien determinasi pada Penyaluran sebesar 0,5013 yang artinya 50,13% variasi Penyaluran Zakat dapat dijelaskan oleh variabel Biaya Fundraising dan Biaya Umum. Sedangkan sisanya 49,87% dijelaskan oleh variabel lain diluar model penelitian ini. Berdasarkan hasil penghitungan Frontier 4.1 diketahui nilai rata-rata efisiensi pada Penghimpunan Zakat sebagai berikut: Rumah Zakat efisien dengan skor 0,947, Dompet Dhuafa efisien sebesar 0,967 dan BAZNAS efisien sebesar 0,950. Sedangkan nilai rata-rata efisiensi pada Penyaluran Zakat sebagai berikut: Rumah Zakat kurang efisien dengan skor 0,703, Dompet Dhuafa cukup efisien dengan skor 0,800 dan BAZNAS tidak efisien dengan skor 0,614.