Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui enam (6) fungsi MSDM yang sudah dan belum terlaksana serta menilai dan mengevaluasi efektivitas dan efisiensi kinerja pengelolaan fungsi MSDM pada Yayasan Asy-Syaamil Bontang. Penelitian ini merupakan penelitian deskriptif kualitatif. Populasi dalam penelitian ini adalah seluruh karyawan Yayasan Asy-Syaamil Bontang yang berjumlah 273 karyawan. Teknik sampling yang digunakan adalah metode Slovin, kemudian teknik pengumpulan data dilakukan dengan wawancara, kuesioner, observasi, dan studi dokumentasi. Analisis data menggunakan audit kinerja dengan empat tahapan yaitu audit pendahuluan, audit review dan pengujian pengendalian manajemen, audit lanjutan, serta pelaporan. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa lembaga telah melaksanakan dan menjalankan keenam fungsi MSDM yang diaudit. Pada pelaksanaan keenam fungsi tersebut, ditemukan bahwa terdapat 1 fungsi yang sudah berjalan efektif dan 5 fungsi yang belum berjalan efektif. Satu fungsi MSDM yang sudah berjalan dengan efektif adalah fungsi rekrutmen SDM. Lima fungsi yang belum dilaksanakan secara efektif yaitu perencanaan SDM, pelatihan dan pengembangan karyawan, sistem penilaian kierja, sistem imbalan dan kompensasi, serta kebijakan PHK.