Isu Good Governance menjadi perhatian utama dalam reformasi anggaran di sektor publik. Institusi publik seperti universitas juga dituntut untuk menerapkan good university governance dalam pengelolaan keuangannya. Penelitian ini bertujuan menguji secara empiris pengaruh penerapan prinsip-prinsip good university governance terhadap pelaksanaan anggaran berbasis kinerja di Politeknik Negeri Semarang. Prinsip good university governance yang digunakan terdiri dari transparansi, akuntabilitas, responsibility, independensi, fairness, dan penjaminan mutu. Penelitian ini dilakukan dengan metode survei melalui instrumen kuesioner. Penelitian ini menggunakan teknik purposive sampling, dengan sampel penelitian 33 responden. Metode analisis yang digunakan meliputi analisis deskriptif untuk mengetahui deskripsi tentang responden penelitian dan persepsi responden terhadap variabel yang diteliti. Uji validitas dan reliabilitas juga digunakan untuk menguji instrumen penelitian. Selanjutnya, uji regresi berganda digunakan untuk menguji hipotesis dalam penelitian ini. Hasil dari penelitian ini menemukan bahwa prinsip good university governance yaitu transparansi, independensi, responsibiility dan penjaminan mutu secara parsial berpengaruh terhadap pelaksanaan anggaran berbasis kinerja. Dua variabel lainnya yaitu akuntabilitas dan, fairness secara parsial tidak berpengaruh terhadap pelaksanaan anggaran berbasis kinerja. Hasil penelitian secara simultan menunjukkan bahwa enam variabel good university governance berpengaruh terhadap pelaksanaan anggaran berbasis kinerja.